为什么历史上一些解密的机密文件上会写有“机密”二字？

因为政府内部有一套秘密管理系统，会对秘密进行分级，机密是其中一级，相应的文件要核定密级，不同的密级查阅的权限、泄露的严重性与处罚都不同。

企业也是。

补充一个百度百科的：

按国家事务秘密程度的等级，一般分为绝密、机密、秘密三级。

绝密　　“绝密”：是最重要的国家秘密，泄露会使国家的安全和利益遭受特别严重的损害。绝密也叫“核心秘密”，如军事工业中的核武器、战略导弹、核潜艇等的战术技术性能及这些武器的生产储存数量、作战频率等都是必须确保的“核心秘密”，也就是“绝密’。

机密　　“机密”：是重要的国家秘密，一旦泄露就会使国家的安全和利益遭受严重的损害。如我国研制的具有国际先进水平的、经济价值较高的药品的成分、工艺、技术诀窍等都列为机密，这些东西泄露出去会给国家的经济利益造成严重损害。这类泄密事件曾经发生过。如某药厂在接待客商过程中，没有做好相应的防范措施，让外方参观了生产的全过程，加之有问必答。客商窃走了全部生产过程、工艺技术等技术，回去后大批生产，抢走了国际市场，给我们带来的巨大的经济等各方面损失。

秘密　　“秘密”：是指一般的国家秘密，一旦泄露会使国家的安全和利益受到一般的危害和损失。如我国某县生产的龙须草席历史悠久，曾是清朝皇帝御品，并外销许多国家和地区，每年为国家赚取大量外汇，被誉为中国独有的工艺品。但在八十年代某国在参观草席生产工艺时窃走了生产的技术诀窍，以后不但停止了从我国进口龙须草席，还与我国争夺国际市场，影响了我国出口额，造成了一定的经济损失。

国家这样复杂的系统，必须依靠有序的管理流程与方法来对秘密进行处理，并不是你硬盘里面的小黄片，把Tddownload改成“学习资料”就可以了。